被汉军暂时放过了的明王朝正如李信所料定的那样，内讧纷起。被汉军压的喘不过气来的大明官员们刚缓过一口气，就玩起了他们拿手的党争。
最先遭殃的是丢失宣、大的卢象升和孙传庭。卢象升为人耿直，信奉“身正不怕影子歪”的道理，不肯向监军的太监行贿。结果被监军的太监告了个“临阵脱逃，私通汉军”的罪名，崇祯皇帝下旨将其处决。孙传庭也因为派出援助洪承畴的军队叛变，被按了个“勾结汉军”的罪名，如果不是熊文灿等人的力保，也就丢命了，被廷杖五十，遣回原籍（孙是代州人，已经是汉的地盘了，只能还呆在京城）。崇祯皇帝的原意是杀一儆百，但实际上却大大的伤了忠心为国的官员的心。
搞完了这几个官员，以首辅温体仁和大学士杨嗣昌为首的一派又把目光转到了熊文灿的身上。要搞垮熊文灿就必须把投诚的李自成给搞掉，因为李自成与熊文灿走的很近，而李自成又是熊文灿保荐的。如果能把李自成搞掉，对付熊文灿也就有了一个很好的理由。
李自成的由农民军改编的军队本来都是为了打倒这些地主老财，为自己求得一条生路才起来造反的。但现在自己却突然间变成了那地主老财的人，与很受百姓欢迎的汉军作对。这让许多的农民军将士们很不满意，尤其是新加入农民军的人，老将领象马贤（汉军为了拉拢农民军，把俘虏的将领都放了回来，而被俘虏的士兵们看到汉的好处大多不肯回来了）等人也都有点不满，但是这种不满却只能是埋在心里的。
一起突然事件将这种矛盾激化了。由于明政府的财源已经被汉军断绝，明统治区又发生了严重的饥荒，因此明政府给李自成部的军饷和粮草只一次，以后一直拖欠。李自成部以前一直是靠抢掠地主富户的钱财来维持的，根本没有什么积蓄，明一断绝供应，整个内部开始乱了套。
李自成为了筹措粮草和军饷，在牛金星的怂恿下，于七月二十一日，纵容部分手下去满城抢掠地主富商。当日，正好是个集市，李自成的部下们在抢掠了地主的家后又捎带着劫掠了赶集的无辜平民，造成了一百多人死亡，二百多人受伤。
这个地方正好是马贤驻军的地方，马贤听说出了事后，亲自带领两千多人把肇事的五百多士兵给抓了起来。一审问，是闯王让来行动的。正要派人到李自成那儿询问是怎么回事，结果牛金星先来了，来到以后，趾高气扬的连声招呼也没打，只说了声是“奉闯王命”就把人给提走了。这下，马贤军营里的弟兄们都炸开了锅了，士兵们不肯了。
本来，马贤因为前面作战的时候损失了李自成的爱将刘宗敏，又让汉军给俘虏过，因此回来后只带了五千人马守守小地方，很受其他人的气，连带着手下将士也跟着受气。现在，让牛金星他们给欺负到了这般田地，根本就没把他们给放在眼里，而且这帮家伙欺负老百姓，又与农民军的传统相违背，这些都让这帮农民军将士感到格外的愤怒。
马贤看着牛金星等人扬长而去的身影，牙齿咬的咯吱直响，面色铁青。听着手下将士们的忿忿不平的议论，他一挥手：“立即召集弟兄们！”
很快的，五千多人都到校场集合了，马贤站在一个高台上，看了看下面的弟兄：“弟兄们，咱们大家本来都是乡里的本分人，是官府那些王八蛋逼的咱爷们没活路了，才起来造反，但现在，咱们与以前欺压我们的那帮王八蛋有什么区别呀！”
他的话立刻引来下面士兵们的共鸣，士兵们的心事都被勾了起来。
“咱们爷们也没什么大的要求，咱们只要能老婆孩子热炕头的安安稳稳过日子就行了，可是现在，咱们现在家不能回，家是汉军的地盘，就这点要求也满足不了。那帮王八蛋竟然连粮食都不给我们，到头来还得让我们帮那帮王八蛋去打汉军，大家说说，你们愿意与汉军打仗吗？”
“不愿意，汉军是好的，他们对老百姓好，我们不想再打了，我们要回家！”有人在下面嚷道，其他士兵纷纷应和。
“那好，我们大家有三条路，一条是继续留在这里，一条是回家，另一条是跟我去投降汉军。大家随便选哪条，我是不会管的。”
“愿意跟随将军！”士兵们狂吼。
很快的，除了千余人准备回家外，其余四千多人都愿意跟着马贤投降汉军。马贤所部投降汉军的消息很快就在农民军士兵们中间传开。虽然李自成大骂马贤背信弃义，但士兵们受马贤他们的影响，军心开始有了浮动，许多守本分、有正义心的将士的心思也开始松动起来了。许多的士兵都在私下寻思，是不是也象马贤一样去投靠汉军？听让汉军放回来的弟兄说过，汉军很不错的。马贤的背离对李自成是个很大的打击，他不相信还有人背叛他，他的心里有了一种不安全感，看看这个，觉得有可能背叛，看看那个，觉得有可能背叛。只有平时与自己走的很近的牛金星等几个谋士和高一功、李过这些亲信他才觉得可靠。
李自成对手下将领的猜忌很快就让将领们看出来了，闯王对他们不信任了！原本抱成一团，亲如兄弟的农民军内部有了裂痕，而这裂痕就让温体仁他们给抓住了。
李自成手下的一个前锋营副将在杨嗣昌等人的收买下，投向了杨嗣昌，并把农民军内部的情况向杨嗣昌做了汇报。
杨嗣昌立刻伙同温体仁在二十四日，偷偷向崇祯皇帝告李自成“谮称闯王，欺压百姓，劫掠民财，滥杀无辜，外结汉匪”。原本就疑心很重的崇祯皇帝立刻下令拿李自成进京。
杨嗣昌和温体仁派遣了总兵高杰率兵去押李自成进京。这个高杰就是偷了李自成小妾邢秀娘逃跑的那个原农民军将领，派他去有个好处，就是与李自成绝对的势不两立，而且与李自成的将领们都有点交情，也容易分化李自成内部的人。
高杰明白这不是一个好差事，就自己这点人手，如果把李自成给惹急了的话，一口就给吞掉了，因此绝对不能与他硬碰硬，只能智取。他找到了杨嗣昌，请杨嗣昌帮忙。于是杨嗣昌就拟订了一个派人去犒劳李自成部的名目，名义上的领头人找了个文官。然后又在京城大肆宣扬，说皇帝要派人去犒劳李自成。
李自成派在京城的探子很快就把这个消息传到了李自成那里。听到这个消息的李自成非常高兴，但手下谋士宋献策却很怀疑。他劝李自成：“闯王，官兵从来没有把我们给放在眼里，怎么会无缘无故的来犒劳我们呢？这其中莫非有诈？”
李自成哈哈一笑：“宋先生，放心好了，我们在京城的人已经探察清楚了，这次派来的是个文官，也就带了千把民夫和几千护卫的官兵来，能诈到哪里去呢？再说，现在的大汉连鞑子都灭了，下一步就该轮到大明了，朝廷能不着急吗？所以他们就要来讨好我们，想靠我们替他们守住江山。”
“闯王高见！”牛金星一竖大拇指。
“哈哈哈！”李自成放声大笑，他似乎看到了自己未来的美好前景。
李自成的大本营在徐水县，李自成为了显示一下自己的威风，让朝廷以后更看重自己。就决定带领三千铁骑亲自到徐水北面的高林迎接朝廷的使者。
二十五日下午，一队人马押着车队缓缓向高林赶来。高杰伪装成一个亲兵夹杂在队伍里，车里装的不是粮草，也不是美酒，而是明军士兵。
听到前面的斥候报告说李自成亲自率领三千铁骑等候，高杰暗暗叫苦，原本以为李自成只带几百亲兵而已，怎么突然带了三千多号人呢？看来先前拟定的活捉李自成是不行了，只能用最后一招。
李自成他们在七月的骄阳下穿着整齐的已经等了近一个时辰了，手下士兵们个个等的口干舌燥，汗流浃背。终于，看到朝廷人马的影子了，李自成立即命令：“给我打起精神来！”
李自成连忙迎上前，刚想见礼，那领头的官员就制止了他：“顺义公听宣！查顺义公李自成谮称闯王，欺压百姓，劫掠民财，滥杀无辜，外结汉匪，特令总兵高杰即行处死，余者概不追究！”
李自成越听越觉得不妙，刚想说点什么，嗖的一声，数十支弩箭从粮车里射了出来。李自成额头、胸部中了六箭，身边的十几个亲兵也被射倒了。手下三千多铁骑被这突如其来的变故给搞愣了，一时没有反应。高杰大喝一声：“奉圣旨，只诛李自成一人，与其他人无关！”
呼啦啦，埋伏在车里的明军士兵也都纷纷钻了出来。李自成手下的将领们一看不好，急忙招呼手下抬起李自成的尸体就向大营方向撤退。
得知李自成死讯的徐水农民军大营乱了套，李自成的小舅子高一功和侄子李过等亲信立即召集人马要杀上北京为李自成报仇，宋献策苦劝他们不要冲动，反而被牛金星诬为与官兵勾结。
高一功、李过率领手下七万大军，向北京猛扑过去。农民军很快就攻克固城、定兴、高碑店、松林店，兵临涿州城下。涿州西有独鹿山，北有涿水，西北有挟河，南有范水，东北距顺天府（北京）—百四十里，是北京的一道重要门户。这里城墙比较高大，而且还驻扎了两万多军队，加上高杰逃到这里的一万多人，共有三万驻军，所以农民军急切间竟然攻它不下。
正当高一功等人打算撤退的时候，突然听说杀害李自成的高杰在城里，这下，农民军就再也不肯退了，对诼州发动了猛攻，非要杀高杰出气。
二十七日下午，保定祖大寿部自南支援涿州，在两万关宁铁骑的凶猛攻击下，负责阻击的贺锦作战失利。原本就有点离心离德的农民军在明军内外夹击下，迅速溃败。高一功中流矢牺牲，李过率领残部向西面山区里撤退。