清朝的地方行政机构一般可分为省、府（州、厅）、县三级。

省一级的最高军政长官为总督、巡抚。总督和巡抚在明朝都是属于都察院的差遣职官，在清朝则成为正式的地方高级官员了。

总督一般管辖两省至三省，但四川总督就只管四川一省。总督例兼兵部尚书和都察院右都御史衔，这就使他掌握了数省的行政、军事、监察大权。总督又可称为“制军”、“制台”。

巡抚为一省的最高军政长官，例兼兵部侍郎、都察院有副都御史衔，这样便有权统管全省的行政、军事、监察等大权了。巡抚又可称为“抚军”、“抚台”。

督、抚之下设布政使，掌管一省的财赋、民政。布政使又可简称藩台、藩司。此外还设有按察使，掌管一省的司法、监察以及驿传事务。按察使又可简称臬台、臬司。

清代对于督抚、布政使、按察使，可合称三大宪。

清初，布政使下设左右参政、参议，驻守在某一地方，称为守道；又按察使下设副使、佥事等，可去分巡某一地方，称为巡道。乾隆时裁撤上述参政、副使等官，专设分守道、分巡道，带兵备衔，管辖府州，成为省和府州之间一级机构，叫作道员。在名义上，道应是省的派出行政机构。清朝还设立一些专业道员，如负责河务的，负责盐、茶、粮等。

省下设府，以知府为行政长官，掌管一府的政务及所属州、县的赋役、诉讼等事。此外，顺天府和奉天府，分别是京城和陪都，地位较一般府要高，设府尹为其长官。

还有与府同级的直隶州，直属于省，以知州为其长官。有属县。又在少数民族地区设立有直隶厅，直属于省，以同知、通判为长官。

府下设县和散州。县是地方行政的基层组织，长官为知县。散州多是因地而特设的，也以知州为其长官。