可马士英与左良玉有仇隙，左良玉又是打着反马的旗号起兵,马士英如何肯讲和，于是气急败坏的责问了一通史可法，同时以圣旨相逼，史可法不得已，只好遣黄得功、刘良佐十几万大军过江，自此江北空虚，清军趁机而来，扬州再不可守。

左良玉率部还未到南京，却突然抱病而亡，其部被黄得功率军迎面痛击，大败而回，剩余三十几万大军，日后在其子的率领下投降了清军。

击退左良玉，马士英大为得意，自认运筹帷幄绝胜千里，是朝廷转危为安的大功臣，一时更为骄横，便是扬州被围，江北之地尽失的恶消息传来，他也是毫无忧虑，甚至还有些快意，一来对守住江北，本就不报希望，照他的意思，大明应尽弃江北，固守长江天险，待江北的清军和李自成两败俱伤，精疲力尽后，再挥军北上；二来，扬州督师史可法，不管或死或降，东林党都失去了最有影响，最有实权的一个领军人物，今后将再掀不起什么大的波澜，所以扬州的求援信八百里加急送达南京，送达内阁时，他淡淡一笑，便扔到汗牛充栋的文件堆后。但是,他也害怕江北失的太快,朝廷不好交代,便又奢望江北的残兵能够死战,好拖延清军进攻江南的速度,因此,严令郑鸿奎封锁江岸,不得放败兵过江.

他的这番极矛盾又诡异心思,东林党也似有所察觉，自清军南下以来，他们日夜聚谈，商议对策，一个接一个上本，要求救援扬州增兵江北，刚开始马士英还应付，到扬州被死死围困时，他两手一摊，故意无奈的叹道：“没办法，扬州实在是不可救了－－－”

东林党跳脚痛骂，虽然知道马士英是在表演，却也无可奈何，今日朝议，万般前由涌上心头，礼部尚书－钱谦益好象越说越激动，泪流满面的拿着手中的笏板（朝堂上大臣双手捧的那个小白板），便要猛砸马士英，马士英还没动，他手下的众阉党早迎了上去，拦住老钱，东林党人心痛扬州，憋着一股气，立刻呼啦齐上，与阉党结成无数对争吵拉扯起来，到最后你一拳我一脚，“哎呀，哎呀－－你敢打人？”“打的就是你！”“去你的－－”“啊呀，我的眼－”大呼小叫着就在皇帝面前撕打起来。[手打吧;