台湾城里，John van der Burg总督和手下的军官们正在坐卧不宁的等米斯神甫的消息，他们把希望全都寄托在米斯神甫的身上了。
突然，城头上的哨兵飞快的来报告：“米斯神甫他们回来了！”
听完米斯神甫的汇报，独眼的贝尔德上尉腾的站了起来：“大人，我们不能屈服于这帮野蛮的土著，为了军人的荣誉，为了国王陛下，我愿意血战到底！”
“不行啊，上尉！”米斯神甫连忙阻止他，“我观察了他们的装备，他们的武器不比我们差，与我们见到的其他土著不同，这帮人的武器非常精良，我们不是他们的对手，别忘了，城堡里还有许多的我国的平民那！”
其他的军官大都支持米斯神甫的意见，主张妥协，在他们看来牺牲一个没有了利用价值的走狗没什么大不了的。
最后，达成一致，把抓来的中国土著都放回去，普仔交给中**队。交接仪式在城外的原野里进行，饱受折磨的中国人向来迎接他们的亲人们哭喊着奔去，而早吓瘫了的叛徒普仔则被架着他的荷兰士兵交给了汉军，负责交接的汉军士兵看都没看一眼，就把普仔拖回了汉军的营地。
汉军营地里，一片悲喜交集的气氛，饱经磨难的中国人与亲人抱头痛哭。每个人都把仇恨的目光投向了叛徒普仔，尤其是受害的百姓和郭怀一，要不是负责维持秩序的汉军士兵的拼命阻挡，他们早就把这个叛徒撕成碎片了。
郑芝龙立即开始了公审大会，判决将这个叛徒凌迟处死。在普仔受刑的惨叫中，郑芝龙又宣布对英勇不屈而被杀死的百姓每人发放五十两抚恤金（当然是从荷兰人的礼品中出了），其他受难的每人十两补偿，同时，给全军将士每人发三两银子的奖金。顿时，欢呼声雷动。
第二天，双方开始谈判，荷兰方面派出了以米斯为首的谈判队伍，而汉军方面则是以原荷兰通事何廷斌为首，成员都是一些中下级军官。荷兰方面一开始就要求汉军解除对赤嵌的包围，重新向赤嵌城供水，为此，荷兰愿花巨款买水。但是被汉军断然拒绝，汉军提出的条件也是底线，就是：荷兰军队必须无条件投降，所有财物一律由汉军没收，投降的荷兰平民可以释放，但是士兵、军官、传教士必须由汉政府和荷兰的联合东印度公司谈判来决定他们的命运。汉军的强硬立场和苛刻的条件使谈判不欢而散。
十五日，断绝了水源的赤嵌城宣布投降。这样，汉军没费一枪一弹，就把这颗钉子给去掉了，而汉军的后续部队也在源源不断的登陆。得知赤嵌投降的台湾城陷入一片恐慌之中，现在他们没有任何外援了，只剩下自己在孤军奋战了。
十六日，上午，在一片低沉的号角声中，二百多门大炮昂起了他们的头。郑芝龙派人给荷兰总督发出了最后的通牒，如果在巳时一刻荷兰人还不投降的话，汉军将发动对台湾城的进攻。
John van der Burg总督和部下就中国人的条件进行了反复的磋商，最后决定：血战到底，等待东印度群岛的荷兰海军支援。
巳时一刻，郑芝龙命令发动总攻。最先开口的当然是汉军中的大炮了，两百多门大炮（汉军的射程比荷兰巨炮远的炮也不算太多）同时发出了怒吼，仿佛要发泄一下自己积郁心中已久的浓重怨气。
密集的炮弹不断的在台湾城上开花，整个台湾城笼罩在烟火之中。而闲来无事的汉军海军也利用自己的舰炮自海上对台湾城发动了猛烈的炮击。
整整轰炸了一刻钟的时间，有些大炮的炮筒都开始红了，于是郑芝龙命令暂停轰击，看看轰击的效果如何。
轰击的效果应该说非常理想，整个台湾城看起来囫囵的地方不算太多，到处冒着浓烟，南面的城墙有几截也被汉军猛烈的炮火给轰塌了。但是荷兰士兵依然在利用残存的工事顽抗，丝毫没有投降的意思。
这时，一个解放军战士出身的十二集团军第二师师长沈思想了想，来到郑芝龙的面前，向他嘀咕了几句，郑芝龙立刻眉开眼笑。
沈思的建议很简单，是解放战争中解放军常用的招数：土工作业，迅速突击到城下，一举攻克台湾城。
郑芝龙立即命令暂停攻击，所有部队立即准备挖掘工具。城里被一阵猛烈轰炸给搞的晕头转向的荷兰人不明白中国人的意图是什么，在惴惴不安中度过了一个下午。夜幕降临，早就休息好了的汉军在百姓的帮忙下，立即开始了挖掘坑道的作业。
土工作业改造地形的方法是中**队的首创，在解放战争时期缺乏重火力的情况下，对我军的攻克坚城起了重要作用。台湾城外是一片原野，正好适合土工作业的要求，可以使汉军在一夜之间突然出现在敌人的眼皮子底下。土工作业的顺序是由前而后，由点到线，先前后再左右，先建立射击阵地，再构筑交通壕，并有重点的加以掩盖，使汉军大批人马在接敌运动中，都在地面之下，将可以避免许多的伤亡。
郑芝龙在南京王家陆军军官学院学习的时候，汉王刘海宁稍微提过一点，因此他有一定的印象，经沈思一提，立即想了起来。
第二天清晨，守城的荷兰士兵发出了慌乱的惊叫声，叫声划了清晨的宁静，把荷兰人都惊起来了，许多人纷纷相互询问：“中国人冲进来了么？”
John van der Burg总督和部下的将领们纷纷拿着刀枪冲到了城头上，询问发生了什么事情。一名值勤的士兵指着前方，用颤抖的声音说：“大……大人，请看那里！”
John van der Burg总督顺着他手指的方向望了过去，不禁倒吸了一口冷气：“我的上帝！”头天黄昏，看到城外的原野上的几里内还是一片平原，现在，纵横交错的坑道却铺到了荷兰人的面前。
看到了此情此景的荷兰人的精神都崩溃了，他们被这纵横交错的坑道吓傻了，不知道该如何抵御中国人的进攻。“我们投降吧！这样我们才有活路呀！”有人说出了大家的心声。
“对对！我们快些投降吧！”许多人纷纷随声附和，毕竟是自己的生命比较宝贵。
顿时要求投降的声音一浪高过一浪，所有人的眼睛都盯住了John van der Burg总督，总督明白，即使自己不宣布投降，这帮人也会去投降的。他长叹一声：“投降吧！”
许多人欢呼一声，立即把城头悬挂的荷兰旗扔下了城，把白衬衫等高高挂起。不久，汉军就接管了这座城市。John van der Burg总督以下两千多的荷兰士兵和平民做了汉军的俘虏。
攻克台湾后，郑芝龙立即派人去鸡笼和淡水支援刘国轩的军队，但那里的战斗其实已经结束了。进攻鸡笼港的刘国轩进行的一样的顺利，西班牙海军现在已经不复当年的英勇了，镇压一下使用原始武器的土著居民还可以，与和他们有一样武器的汉军作战，那就万万不行了。
发现汉军舰队逼近了鸡笼港后，Francisco Hernandez总督立即命令驻扎在鸡笼港的海军三艘军舰和其他大小十余艘舰艇出海威吓一下，按他的盘算，中国土著士兵在巨大的西班牙军舰的威吓下，肯定会不战而逃的。
但他打错了算盘，这次来的不是懦弱的大明水军，而是大汉的海军。汉军利用火炮数量多、射程远、精确度高的特点对西班牙舰队展开了围歼。西班牙舰队在不到一个时辰的工夫就瓦解了，两艘军舰被击沉，一艘被俘，其余小艇全都葬身于海底了。
汉军乘胜追击，利用舰炮吸引西班牙人的注意，同时压制他们的火力，另一部分五千余人乘机登陆。登陆的汉军兵分两路，一路包围了鸡笼，一路包围了淡水。这两个地方的西班牙人有一千多人，他们看见汉军人数少，于是就想趁汉军立足未稳的机会将汉军逼到海里予以歼灭。
汉军佯败，装成溃不成军的样子，一路后撤，西班牙人一看立刻出动了几乎所有的人出击，但是，当他们追击到海边的时候，早已候着的汉军海军利用舰炮对追击的西班牙军队展开了猛烈轰炸。西班牙人损失惨重，想要撤退却来不及了，汉军展开了反扑，就这样，出击的西班牙人几乎全军覆没。仅剩百余人手的淡水西班牙守军宣布投降，而独木难支的鸡笼方面的二百多人也在Francisco Hernandez总督的率领下，宣布投降。应该说，整个进展的非常顺利，比郑芝龙要早一天解决。