谈判破裂后，汉军立即准备对日本发动攻击。伍子方给汉军制定的政策是不波及日本百姓，不搞焦土政策，还要赈济灾民。这个政策在解放军战士中引起了激烈的反对，他们对日本侵华的种种恶行是深恶痛绝，这次听说要来打小日本的，个个都摩拳擦掌，也要在日本来次东京大屠杀。
但现在一切都不能实现了，不搞屠杀不说，还要帮这帮龟孙子养的。解放军战士们都不干了。他们不明白凭什么要这样，有些愤激的战士甚至把伍子方叫做是汉奸。伍子方也明白大家的强烈不满情绪，就特意召开了一次由五个解放军战士参加的小型军事会议，他要给战士们解开心头的疙瘩。
首先质疑的是北字第七师的师长陈家驹少将，他本身就是东北人，当年陈家让小日本害死的就有十几口人，他对日本的仇恨可是刻骨铭心的，他怒气冲冲的质问伍子方：“伍总指挥，为什么要对日本人这么好？那群狗娘养的害中国人害的还少吗？别告诉我你的血液里有***血统。”
伍子方苦笑了一下：“我是南京人，当初我们伍家让***害的也够惨的了。我也很想灭了小日本的，把他们从地球上清除出去。可是我们不能凭一时的感情用事，现在的日本人有什么罪过？那些平民有什么罪过？在街头玩耍的孩子有什么罪过？真正的罪过不是在他们这些普通百姓上，百姓是善良的，是无辜的。真正的始作俑者是他们的贵族、军阀，是他们的统治者，战争是由他们发起的，百姓的人性也是在他们宣传下被扭曲的。我们要对付的是那些王八羔子，而不是善良的百姓！”
看看几个人都低下了头，伍子方接着说道：“民族与民族之间，百姓与百姓之间本身没有什么深仇大恨，也就没有必要搞个你死我活。你们想想，日本人里就没有好人了？屠杀我也想，但屠杀之后呢？会得到快感吗？看到死在你们手中的妇女儿童，你们怎么想？认为自己很高大很英雄？你们不觉得你们与那些日本畜生没什么区别么？那你们还有什么资格去骂人家是畜生呢？我们知道那个年代日本人对我们中国做过什么，可是这个年代的百姓知道么？我们搞屠杀，他们会怎么看待我们呢？”
“可是，我们气不忿嘛，不出这口气，窝的慌！”陈家驹嘟囔道。
“这大家不用担心，我们现在两个目的，一是我们现在国家刚刚建立，不宜对外进行战争，所以我们此行的目的是捞取他们的黄金就行了，二是我们要彻底把日本打入一个完全封闭的社会，大家想一想，如果日本人故步自封，不与外界接触，那么他们将永远处于世界民族的最底层，而且将永远是我们倾销剩余物资的市场。”
“好！如果是这样的话，比屠杀还过瘾！”陈家驹喝彩道，“这样可以让小日本的永远抬不起头来！我喜欢！还有，我们应该在这里建一个纪念我这次牺牲的战士的靖国神社，让他们朝夕参拜，还有………”
伍子方摆了摆手：“有好意见以后再说，还有，我们不抢他们的老百姓，并不意味着就放过了他们的官府，不论占领什么地方，大家都要做财宝清道夫，要把他们的府库给清理清理！”
“是！”心结解开了的战士们高声应道。
这时候的日本已经不象德川家康的年代，猛将如云了。二十多年来幕府推行和中国封建统治者一样的偃武修文的政策，使得武士们没有饭吃，而高高在上的将军、大名的生活却日益豪华奢侈，官僚政治不断的腐化下去，军队的战斗力自然也就不行了。与汉军刚刚结束国内战争的精兵悍将相比，他们根本就不是个儿。
二十八日，汉军驻对马、五岛的两支舰队分兵两路，一路进攻正在围攻岛原的幕府军队，一支在九州的山口登陆。
进攻岛原的汉军也是兵分两路，一路直接对原城附近的幕府军发动进攻，另一路自长崎登陆，对幕府军形成包围态势。进攻原城之敌的汉军首先利用威力巨大的舰炮对岸上的幕府军队展开了狂轰滥炸。岸上的幕府军队猝不及防之下，被炸的血肉横飞。突如其来的炮击把幕府军队吓傻了，哄哄乱乱的就向内陆撤退，他们可不想与炮弹的弹片比硬度。汉军从五岛运来的五千朝鲜兵和一万汉军官兵陆续登陆，在原城附近建立了滩头阵地。
松平正在与诸大名们讨论下一步该如何围困，怎样才能攻克原城。这时候，汉军炮击幕府军阵地，并在原城登陆的消息传了过来。松平吃了一惊，拿来地图仔细看了看，汉军既然能在原城登陆，也肯定能在岛原西面登陆，对幕府军队形成夹击之势。自上次袭击汉军运粮队大败而归以后，松平就有种不妙的感觉，在汉军占领五岛列岛、对马岛后就更觉得不妙了。但是他没想到汉军竟然敢登陆作战。在他的印象了，就是当初横扫天下的大元帝国也没那本事渡海过来与日本作战，这汉军占几个小岛倒也罢了，进攻日本本土是万万不行的，因为不论从兵力还是从后勤补给上，都无法支撑这样一场作战。
可是事情竟然脱离了他的预料范围，汉军竟然真的敢登陆。松平的考虑其实有一定道理，但他不知道的是汉军海军的强大势力，也忽视了一衣带水的朝鲜在后勤补给上的巨大作用。汉军在抵达济州岛后，就对将来的战斗做了充分的估计和准备。汉军的补给分两部分运输，一部分是军火，直接用船从南京运到了济州和汉军在朝鲜的一个基地；一部分是其他的物资，象粮食、被服等，这些直接从东北和朝鲜征调，主要储存在朝鲜的基地里。在坐观战局两个多月的时间里，汉军囤积了大批的军火物资，还通过各种方式（包括以前商人提供的资料）对日本的本州、九州、四国以及对马等岛屿进行了详细的考察，该在什么地方登陆，当地地势如何，百姓对幕府的感觉，地方军队的兵力部署等，汉军都有详细的资料。在占领对马和五岛后，汉军以惊人的速度把大批的物资运送到了这两个岛屿。汉军的物资储备支撑半个月没什么问题，何况国内的物资还在源源不断的运来。
购买物资的钱都是从天草四郎那儿榨过来的，另外，汉政府在清查明朝的户部库存的时候，意外的发现一个地下仓库。这个仓库长年无人过问，门锁都锈死了，以前明朝有规矩任何人不能动这里的东西，代代传下来，也没人敢去动，渐渐的也都忘记还有这么一个库房了。负责清查的汉政府官员费了好大劲，才把门打开。里面满是金银！后来查资料得知，这是当初明成祖朱棣设立的镇库金一千二百万两，为的是以后国家危难之时用上，可是代代传下来，都把这茬事给忘了，没人知道这底下还有这么多的金银，反倒给大汉解了燃眉之急了。新的财富的发现，也给汉军的进攻日本一个强有力的物质后盾。
有了充足补给的汉军自然不怕与日本军队直接对抗了。汉军陆续从东北军区调集了三个师，是北字第二师、第七师、第九师，从中央军区调集了一个师，是中字第六师，再加上两万朝鲜雇佣兵，共有八万大军。
松平见势不妙，连忙抽调了四万多军队对汉军登陆部队展开了反扑，要把汉军逼进海里喂鱼。
幕府军队首先冲锋的是挥舞着长刀的骑兵部队，他们呐喊着向汉军阵地扑过来。海面上负责支援登陆部队的是由朱啸天指挥的舰队，他通过千里眼看了看冲过来的幕府军队，右手轻轻向下一压。海军的大炮怒吼起来了，无数的炮弹倾泻向幕府军队。沉闷的炮声在岛原海面上回荡，在弧形弹道的终点，随着炮弹撕裂空气的尖嘶，接连腾起股股的黑烟，浓烟笼罩了大地，在黑烟中是象征死亡的火焰。密集的炮弹炸的幕府骑兵是人仰马翻，断肢残躯四散，幕府军队的骑兵进攻就这样以损失过半人马而告终。松平心疼这些骑兵，这次的骑兵部队没带来多少呀。无奈之下，命令步兵部队发动攻击，要凭借人海战术突破汉军的炮火封锁。
步兵们蜂拥扑向汉军阵地，但他们的遭遇一点也不比骑兵的弟兄们好多少，照样先是受到汉军大炮的蹂躏，刚刚通过炮火的鬼门关，雨点般的子弹又倾泻向他们。炮弹炸开的弹片四射，子弹乱飞，幕府士兵们象割麦子一样，一片一片的倒下，炮弹将他们的身体撕扯成碎片，子弹将他们的身体洞穿。他们那单薄的战甲根本就无法抵挡汉军的子弹，甚至连火枪的铅丸都无法抵挡，因为日本缺铁，根本就造不出真正有防御能力的战甲。
步兵士兵们损失惨重，虽然他们英勇顽强的作战，但血肉之躯哪能与火器相抗衡？被弹片和子弹击伤的幕府军伤兵发出凄厉的叫喊声和呻吟声。这种垂死的叫声，这种痛苦的呻吟是任何严刑酷法也阻止不了的。死亡士兵们的惨状和伤兵们的痛苦呻吟大大的打击了其他继续进攻的幕府士兵们的士气，他们的队形开始混乱，不再是有组织有秩序的进攻，而是在盲目的乱窜，前进的速度也大大的降低。在付出了惨重伤亡的代价，丢下了近万具尸体后，幕府军队仍然无法靠近汉军的阵地，而他们继续进攻的勇气却是损失殆尽了。
这时候，原城里的农民军也趁机杀了出来，两路人马里应外合，杀的幕府军是一败涂地，损失了近两万大军。农民军就这样彻底打破了幕府军的包围，同时，汉军利用军舰封锁了海面，断绝了松平部的退路。令松平担心的另一路汉军也于当天在长崎附近登陆，汉军很快就占领了长崎港，与农民军和原城汉军对松平所部形成包围之势，现在变成了汉军和农民军对幕府军的包围。而岛原半岛上的农民和流浪的武士们见声势浩大的幕府军失败了，也都纷纷起来加入农民军，农民军的声势迅速壮大起来。
汉军攻击九州的部队是二十八日在唐津附近登陆，先期共有五千朝鲜兵和北字第七师五千名士兵陆续上岸。唐津藩的藩主不在，守卫的家臣们也不敢擅自出击，只能关紧城门，消极防御。