日本经历了二十多年的太平，真正作过战，有经验的武人十分稀少。所以就选择了在大阪之役中出过力的板仓重昌领兵去讨伐，重昌是板仓胜重之子，重宗的弟弟。德川家光认为他虽然地位不高，但到底他是武将出身，习于兵旅，同时可以仗乃父的馀威，使得叛徒折伏。

十八日，板仓重昌板仓动员了九州各地诸候的兵丁对原城发动了攻击。城上一万多农民军进行了拼死抵抗（起义农民有三万多人，但有战斗力的只有万余人），但幕府军人数多，很快就突到了墙下。突然间，大批的炮弹从城里飞了过来，在攻城的幕府军队中炸开，猝不及防的幕府官兵被炸的人仰马翻。板仓吓了一身冷汗，他不知道为什么农民军竟然有了这么犀利的火力，连官兵都比不上。

官兵的第一次进攻就这样被击退了。以后，板仓又组织了几次进攻，但都没有什么成效，农民军将士们的英勇顽抗使幕府军始终无法登上城头。另外还有个原因是各地集合来的部队，欺板仓官小，不甘受他的节制，在不能齐心合力的状况下，因此每次进袭都被农民军击退。

板仓失利的消息很快就传到了江户，幕府将军德川家光大为震怒，命令幕府智囊、首席老中（老中是幕府高级官员的意思）松平信纲为专使，前往督战。板仓听说要派松平来督战的消息后，知道自己在幕府中的威信是一落千丈了。为了重振声威，获得德川将军的信任，板仓决定要孤注一掷，集中力量突击攻占原城。

十二月二十八日上午，板仓指挥幕府军队对原城发动了最为猛烈的攻击。他下令在辰时总攻，但是幕府军的有马藩，偏偏不听号令，偷偷的在寅时抢先攻城。结果让农民军打的败下阵来，并且惊动了城中的农民军，他们发觉幕府方面将大举来犯时，立刻加紧准备，板仓军来袭，正好中了他们的埋仗，幕府军队的士兵们一拨一拨的向城上攻去，城上的箭也象雨点一般落下，炮弹不断的在幕府军中炸开。看到手下损失惨重，而进攻却一点进展都没有，板仓发怒了，命令各路兵丁联合出击，居然没有一个听他号令的。无奈之下，年轻气盛的他抽出刀，亲自带领手下少数的亲信武士对原城发动了进攻。守城的大矢野右卫门大呼：“大将军骑来啦！”

一颗炮弹正好在板仓身边爆炸，板仓吭也没吭一声就魂归乐土了，是年五十一岁。失去了统帅的幕府军大乱，大矢野右卫门趁机指挥农民军杀出城来，击溃了幕府军。是役，共击毙幕府军近万人，缴获军火物资无数。取得喘息机会的天草四郎立即派人与汉军联络，再次订购炮弹八百发，火炮十门，火炮的强大威力吸引了他们。

1638年元月六日，松平信纲率领去江户参加定期朝拜的九州各地的藩主们的十几万幕府军队卷土重来。松平信纲是家光手下，最亲信的家臣之一，从九岁开始就陪伴德川家光，家光当了将军之后，立刻任命他为伊豆的太守，补为老中。他虽然从来没有打过仗，作过战，是一位从事案头笔墨的人，但谁都明白他是将军的心腹重臣，没有人敢不听他的调度，这与板仓的遭遇有天壤之别。松平不愧为幕府的首席智囊，他吸取了板仓失利的教训，利用农民军困守孤城的形势，派人包围了原城，变围攻为围而不攻。他们要把农民军活活的困死在城里。

但是他们的目的无法达到，因为汉军的舰队一直在通过海上给原城输送粮食和军火。而日本因为执行锁国政策，水军大名都被转到内地去了，各路水军缺乏统一指挥和训练，非常弱。当年郑芝龙的海盗在日本耀武扬威，就是因为日本水军的衰落，所以汉军海军根本就没把日本那点水军势力放在眼里。

松平明白，要想击败叛军，就必须截断他们的补给线。二十日，汉军一支向原城运送粮食的船队遭到幕府水军近二百艘大小战船的袭击。汉军护航的五艘战舰与幕府水军展开了激烈的拼杀，原城海面上炮声隆隆，双方的船上不时绽开致命的火花。汉军火炮威力虽然巨大，但是幕府水军在数量上占有绝对的优势。汉军战舰护卫着粮船且战且退，但在幕府水军的轰击下，已经有七艘粮船被击沉了。堪堪退到对马岛的时候，幕府水军完全包围了汉军海军，并开始展开围攻。

汉军这支舰队的司令官是巡洋舰北京号（缴获的荷兰军舰改造的）的舰长吴天任，吴天任拿起千里眼仔细观察着不断围过来的幕府水军，脸上没有一点表情。

身边的参谋有点着急了：“司令，我们被包围了，快突围吧！”

“突围？”吴天任冷冷的说道，“向哪里突围？向东是倭寇老巢，向北、向南都是人家的地盘。”

“西南面呀，西南面可以直到济州岛，而且西面敌人的包围比较薄弱，我们正好可以向那里突围呀！”

吴天任看了他一眼：：“亏你还是个参谋，兵法上的围三阙一，你懂不懂？这些倭寇受我中华熏陶了这么多年，就是畜生也学会了点东西。你看看，那里就那么几条船，不是故意引我们上钩是什么？”

吴天任接着一连发布了几道命令：“所有船只向对马岛靠拢，粮船在里，军舰在外围。沧州号、登州号负责截击东面之敌，祁州号、莱州号负责截击南面之敌，北京号坐镇中央。各舰在各自为战的同时，要相互支援，尽量利用火炮的优势，使敌人无法靠近。只要再熬两刻钟，我们的支援舰队就来了！”

一场血战展开了，日本水军不要命的向汉军发动了进攻。汉军利用自己舰炮威力强大，射程远的优势对日本水军展开拦截。不断的有日本战船升腾起黑烟，然后缓缓沉入海底。所幸的是，日本水军虽然数量多，但久未训练，这次只是临时找了个懂水军知识的大名来指挥而已。但就是这样，他们也渐渐逼近了汉军船阵。汉军战舰上的海军官兵和粮船上的官兵都操起了武器，他们要与日本人决一死战。

在这紧要关头，一支舰队从西南方向开过来。汉军官兵们陡的发出哄天的欢呼声，蓝底金龙旗！如雨炮弹倾泻向幕府水军，首当其冲的几艘幕府战船顷刻间被击中，起火，沉没了。

这支舰队是汉军在济州到岛原之间巡逻的舰队，共有大型战舰二十六艘，小型战船四十艘。他们先是击溃了幕府军在西南埋伏的百余艘战船。然后又急速赶来支援吴天任舰队，总算他们来的及时。

在汉军两支舰队内外夹击下，幕府水军迅速崩溃，对马岛一战，幕府水军的精华损失殆尽，至此是再也无法对大汉海军产生任何威胁了。

听到海军粮船受到攻击的消息，伍子方不禁狂呼：“天赐良机，佑我中华！”

他立即命令向日本幕府发出抗议书，要求幕府将军给汉军一个完满的交代，否则大汉帝国将对日本开战。伍子方命令驻扎济州的舰队兵分三路，一路兵发对马岛，占领上对马和下对马；一路抵达大汉的属国琉球，以琉球的冲绳为基地，随时准备兵发九州；第三路占领长崎西面的五岛列岛和中通岛。随同汉军作战的是汉军从朝鲜招募的雇佣军，汉军在朝鲜宣布了招募士兵打日本的通告后。饱受日本人侵略之苦的朝鲜人纷纷报名参加，当然，相当原因是汉军优惠的政策。汉军共招募了两万朝鲜兵，现在仅仅训练两个多月后，就开始派上用场了。

二十三日到二十六日，汉军相继占领了对马岛、壹歧岛、中通岛和五岛列岛，对岛原半岛的幕府军队形成了钳形包围。汉军占领这几个岛屿后，对居民少的，当场驱逐，多的，就进行忠诚度考察，愿意效忠大汉皇帝的可以留下，否则就请卷起铺盖卷走路。同时大批的物资和士兵也被快速的从朝鲜和济州运到了这几座岛屿，汉军把这几座岛当成了未来对日作战的一总的后勤补给基地。

二十七日，四十艘汉军战舰抵达神奈川附近相模湾的海面上，向幕府鸣炮示威，并击溃了幕府派出来的一支六十艘战船组成的小舰队，击沉三十一艘，击伤二十艘。

幕府将军德川家光急了，直埋怨松平，一个岛原就已经闹的焦头烂额了，又惹上这个强敌干什么？搞不好自己的老巢还会让大汉给端了。紧急派亲信老臣土井胜利与汉军特使联系，同汉军谈判停火事宜。汉军的谈判代表金鑫提出：倭国（根据以前西汉曾经给日本发过“汉倭奴国王印”来称呼）必须赔偿汉军在这场冲突中的损失。

土井胜利虽然很不满意金鑫对日本的倭国称呼，但是也得忍下来。他明白事情的轻重缓急，知道现在不是计较称呼的时候，关键是要使汉军收兵，同时也要想办法使汉军放弃对岛原农民军的支持。

土井微笑着说道：“我想我军与贵军在岛原海上的冲突纯粹是场误会，请贵国多多原谅！”说完，他深深的弯腰鞠了一躬。

“误会也罢，故意的也罢，我们只是要求你们满足我们的要求。否则的话，咱们就没有什么可以商量的了，一切用大炮来解决吧！”

土井对金鑫的蛮横更是有点不满了，但还是得忍着：“不知道贵国有什么要求？”

“我们的要求不高，首先是必须赔偿我**队的损失，黄金一百万两，另外，还必须对我国道歉，另付致谦银，黄金一百万两，总共为黄金二百万两。”

土井腾的站了起来，再好的脾气也忍受不了呀：“黄金二百万两，贵国要的太狠了吧？是你们到我们日本的地盘来捣乱，竟然要我们赔偿？我们日本拥兵百万，不会怕你们这几艘破船的！”

“好！好！”金鑫点头冷笑着，“嫌钱多？你们一个小地方的大名每年的俸禄就有四万多两黄金，我们要二百万两不多呀，我们牺牲了多少弟兄！说我们的战舰是几艘破船？那好，既然如此，那我们就不用谈了，我们倒要你们看看我们这几艘破船的厉害！后会有期！”

双方的第一次会谈就这样不欢而散了。