当时东晋的局势非常惨淡，朝廷内有司马道子、司马元显父子相继专权，外有桓玄、殷仲堪、杨?期等三人与刘牢之、司马尚之割据，而京师建康以南一带，更为变民孙恩盘踞，国内大乱。

隆安三年（399年），桓玄消灭荆州刺史殷仲堪、雍州刺史杨?期二人势力，尽占长江中游一带。次年（400年），朝廷不得已乃任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州及扬、豫八郡诸军事、后将军、荆、江二州刺史、假节。

等官军把孙恩这伙宗教份子赶到海岛上，桓玄也准备得差不多了。

桓玄起事，北府兵这支重要的军事力量自然成了坐镇朝廷中枢的司马元显和桓玄都拉拢的对象。这一次桓玄取得了刘牢之的支持，长驱入健康擒杀司马道子和司马元显父子，全面控制朝廷实权。桓玄控制朝政后，随即解除刘牢之的兵权。

刘牢之为一代名将，打仗是把好手，可搞政治就差得很远。他先反王恭，再反司马元显，后来等桓玄对他下手时，准备再反。可此时已经是将佐离心，人心涣散，最后只好选择自尽了事。

刘牢之死后，刘裕一下便被拱到了*的前台，因为这时他已经是北府兵中少数几个最有影响的人物。

桓玄迅速把矛头对准了在浙东修炼的孙恩。这个孙恩呢，虽然才具一般，但在两年多的时间里，也把东晋的半边天搅得翻天覆地。这一次他的运气没那么好了，进攻临海失败，最后被逼得投海自尽。五斗米道徒信奉长生久视之道，信仰天、地、水三官，尤其相信水仙，由此观之，孙恩也算死得其所。当然孙恩死了，但他的余部还是有少量坚持了下来，并拥戴他的妹夫卢循继续战斗，而且在后来还真差点革了晋王朝的这条衰命。

刘裕因为这两年在平定孙恩的军事斗争中的优异表现，以及在北府兵中的影响，自然成了桓玄争取的对象。桓玄的妻子刘氏颇能识人。她多次对其夫说：“刘裕行止有龙势虎志，看问题不同凡响，不会久居人下，宜尽早除之”。桓玄却说：“我欲荡平中原，非此人不行，怎好杀他？等关陇平定，再作计议。”

他的打算倒是长远精明，可估计就在说这话的时候，刘裕已经是磨刀霍霍了。刘裕的政治嗅觉和手腕，又岂是刘牢之等辈可比。

元兴二年（公元403年）十一月二十一日（阳历为403年12月20日），东晋安帝献上国玺，禅位于桓玄。同年十二月三日（阳历为404年1月1日），桓玄正式称帝，国号楚，改元永始。桓玄篡位之后，日夜笙歌，游宴无度，即使在为其兄服丧期间，也“不废音乐”。由于土木频兴，徭役繁重，督迫严促，致使百性愁苦，纷纷思乱。