南燕平定了，刘裕再立新功，可还没等他喝酒庆功，东晋内部又闹事了。

孙恩当年虽然走投无路去当“水仙”了，可他的妹夫卢循却依然率领信徒们在凡间不屈不挠的战斗着。

元兴三年（公元404年）十月，卢循率众乘船南下破番禺(今广东广州)，自称平南将军。当时晋廷虚弱不堪，核心的荆扬地区尚且各自为政，哪还管得了远在天边的蛮夷之地。所以朝廷干脆厚着脸皮封他为征虏将军、广州刺史、平越中郎将。卢循全盘接受下来，并派姐夫徐道覆和亲党占据始兴(今广东韶关南)及其他各部。

卢循、徐道覆虽接受朝廷官号并遣使献贡，但又派人到大庾岭一带伐木，秘密准备北伐船只。

义熙六年(410)二月，卢循、徐道覆乘刘裕北伐南燕，东晋后方空虚之际，分两路北上。一路由卢循率领越五岭，经长沙、巴陵(今湖南岳阳)直指江陵。一路由徐道覆率领直下庐陵(今江西吉水北)、豫章(今江西南昌)，大败官兵，杀江州刺史何无忌。卢、徐随即合兵东下。五月，在桑洛洲(今江西九江)东北长江中)大败晋大将刘毅，军抵淮口(秦淮河入长江之口，今南京西北)，直逼建康。此时义军战士十余万，舳舻千计，楼船高达12丈，舟车百里不绝。朝廷一片慌乱，刘裕在山东闻听后单骑渡淮，星夜赶回，仓促应战，情形是何等危急。

当时徐道覆主张立即登陆与刘裕决战，可卢循多疑少决，贻误战机，使刘裕得以集中兵力，周密部署。义军小挫，卢循下令退却。十月，义军西攻江陵，不利。十二月，义军与官兵在大雷(今安徽望江)、左里(今鄱阳湖口)相继展开死战，损失惨重，南退番禺。但此时番禺已被官兵抢先占领。

义熙七年（411年）三月，刘裕派兵击杀徐道覆，卢循久攻番禺不下，转往交州。此时交州刺史杜瑗病亡，朝廷有诏令其子杜慧度袭职，慧度尚未接诏，卢循已袭破合浦，径向交州捣入。慧度悉散家财，号召中州文武6000人于石?应战，一举击败卢循，卢循见大势已去，以酒毒死妻子，再杀死不愿殉死的美妾，投水自杀。杜慧度得胜后，杀卢父，寻得卢循尸身，把首级割下，再加上卢循部下李脱等人头颅共七颗，用小箱子精致包装，送往建康。

至此，前前后后折腾十二年，使得晋廷痛苦不堪的孙恩，卢循之乱彻底平定。

卢循之乱不但使刘裕再次拯救苟延残喘的晋王朝，而且使刘裕之外的那些领兵大将都深受打击。